Polonia Warszawa powstała jesienią 1911 roku z połączenia szkolnych drużyn Stelii i Merkurego, z inicjatywy Wacława Denhoffa-Czarnockiego (który wymyślił nazwę klubu) oraz rodzin Lothów i Gebethnerów.
Na początku zawodnicy grali w biało-czarne pasy i dopiero na wiosnę 1913 roku założyli swoje pierwsze czarne koszulki. Sprawa wyboru koloru ubrań ma kilka teorii. Najbardziej „patriotyczna” mówi że czarny kolor wybrano ze względu na żałobę po ojczyźnie (która znajdowała się w niewoli), jednakże w rzeczywistości było trochę inaczej. Najprawdopodobniej odpowiedzialny za zdobycie koszulek Janusz Mück zdołał kupić tylko takie. Czarne barwy miały jeszcze jedną zaletę – ubrania nie brudziły się od grania na błotnistym boisku przy Agrykoli. Pierwszym herbem klubu była biało-czerwona tarcza, którą piłkarze przypinali za pomocą agrafek.
Pierwszy mecz Polonia zagrała z silnym lokalnym rywalem – Koroną. Spotkanie odbyło się 19.11.1911 i zakończyło się wynikiem 4:3 dla Korony. Dopiero dwa lata później, w lutym 1913 roku, Czarne Koszule zagrały w swoich tradycyjnych strojach. Rywalem, tak jak poprzednio, była Korona, ale wynik – 4:0 dla Polonii – był już inny.
Polonia szybko uzyskała w stolicy popularność. Przed wojną to jej mecze gromadziły największą liczbę kibiców. Po sprowadzeniu na Konwiktorską przez prezesa klubu generała Kazimierza Sosnkowskiego drewnianych trybun na stadionie mogło zasiąść 10 tys. widzów. I tyle zasiadało.
Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości powstał PZPN i zaczęto rozgrywać mistrzostwa kraju. Pierwsze pięć odbywało się na zasadzie rywalizacji po między najlepszymi drużynami poszczególnych okręgów. Jak się nie trudno domyślić w okręgu mazowieckim najlepsza była Polonia. Pierwszym mistrzem Polski w 1921 roku została Cracovia, zaś „Czarne Koszule” uplasowały się na drugim miejscu. Piłkarze z Warszawy powtórzyli ten sukces w 1926 roku.
Rok później przeprowadzono reformę rozgrywek i od tej pory mieliśmy do czynienia z rozgrywkami ligowymi. Drużyna „Czarnych Koszul” należała do średniaków ligowych. W okresie międzywojennym posiadaliśmy jednakże wybitnych reprezentantów kraju. Należeli do nich m.in. Jerzy Bułanow, Erwin Nyc, Jan i Stefan Loth oraz Władysław Szczepaniak, kapitan reprezentacji Polski z pamiętnego meczu mistrzostw świata z Brazylią.
Początkowo piłkarze rozgrywali swe mecze na stadionie Agrykoli. Od 30 września 1928 roku po dzień dzisiejszy grają na stadionie przy ulicy Konwiktorskiej 6.
W 1939 roku drugim strzelcem w ligowej klasyfikacji był Zenon „Odrowąż” Pieniążek, który w wyniku wypadku motocyklowego przestał grać, ale pozostał w Polonii. Po wojnie obejmując stanowisko trenera „Czarnych Koszul”…
Wojna nie osłabiła popularności Polonii w stolicy. W zrujnowanej Warszawie w 1946 roku pod wodzą „Odrowąża” zdobyła pierwszy tytuł mistrzowski dla miasta. Bezdomna Polonia (stadion przy Konwiktorskiej był zniszczony podczas działań wojennych). Decydujący mecz z AKS-em Chorzów na stadionie Wojska Polskiego oglądnęło 20 tys. widzów. Poloniści wygrali 3:2.
Mistrzowski skład tworzyli: Henryk Borucz, Zdzisław Sosnowski (bramkarze), Edward Brzozowski, Jerzy Fronczak, Zdzisław Gierwatowski, Wacław Jagodziński, Zygmunt „Pikuś” Ochmański, Henryk Przepiórka, Władysław Szczepaniak, Jerzy Szularz, Tadeusz Świcarz, Antoni Wołosz i Stanisław Woźniak. Najskuteczniejszymi piłkarzami złotego sezonu 1946 byli: Szularz i Świcarz, którzy zdobyli po 7 bramek
Polska po wojnie znalazła się w strefie wpływów ZSRR, który zaczął wprowadzać stopniowo komunizm. Jednym z takich przejawów była zmiana nazwy klubu z Polonii na „Kolejarz” (klub sponsorował resort kolejowy), bowiem stalinowska polityka ubezwłasnowolniła kluby, narzucając im nowe nazwy i patrona. Patronat kolejowego resortu nie mógł sprostać konkurencji z pionem milicyjnym czy wojskowym. „Zielone światło” w Warszawie zapalono dla Legii (CWKS) i Gwardii, Polonię skazując na II i III ligowy byt.
Ostatnim sukcesem Polonii w latach stalinowskich było zdobycie Pucharu Polski w 1952 roku. W meczu finałowym pokonali CWKS 1:0. Mecz rozegrano na Łazienkowskiej. Mecz oglądnęło ok. 20 tys. fanów. Zwycięską bramkę dla Kolejarza zdobył Zdzisław Wesołowski.
W tym samym czasie Poloniści spadli do II ligi, a w 1954 do trzeciej. Pomimo ofiarności wielu działaczy i ogromnej sympatii warszawskich kibiców „Czarne Koszule” aż do 1993 roku grały w II lub najczęściej w III lidze.
W tym samym czasie Poloniści spadli do II ligi, a w 1954 do trzeciej. Pomimo ofiarności wielu działaczy i ogromnej sympatii warszawskich kibiców „Czarne Koszule” aż do 1993 roku grały w II lub najczęściej w III lidze. Pomimo tego, iż Polonia grała w niskich klasach na mecze „Czarnych Koszul” przychodziło po 20-30 tys. osób. Jednak wszystko ma swój koniec. W połowie lat ’60 najpopularniejszą drużyną w Warszawie była Legia, która grała w europejskich pucharach.
W sezonie 1992/93 Poloniści wygrali rywalizację w II lidze. W ekstraklasie zagrali jednak tylko jeden sezon. Tym razem pobyt na zapleczu I ligi trwał niedługo. Po dwóch sezonach „Czarne Koszule” ponownie zawitały w ekstraklasie.
Polonia dzięki hojności nowego prezesa – Janusza Romanowskiego zdobyła w sezonie 1997/1998 v-ce mistrzostwo Polski (koronę króla strzelców z 14 bramkami na koncie wywalczył Arkadiusz Bąk).
Na przełomie wieków „Czarne Koszule” przechodziły swój złoty okres. W sezonie 1999/2000 poloniści zdobyli mistrzostwo, puchar ligi (najlepszym strzelcem został Igor Gołaszewski –zawodnik, który do tej pory rozegrał najwięcej meczów w naszym klubie) oraz superpuchar Polski. W następnym sezonie dołożyli do tego puchar Polski. Gwiazdą tamtego zespołu był Nigeryjczyk Emmanuel Olisadebe.
Po latach sukcesów przyszedł jednak czas niepowodzeń. Polonia z czołówki stała się zespołem, który musiał walczyć o ligowy byt… Polonia w tej walce wytrwała aż trzy lata. Spadek do II ligi nie trwał długo… Awans, choć nie został wywalczony na boisku cieszył. Za sprawą transakcji pomiędzy ówczesnym właścicielem „Czarnych Koszul” Józefem Wojciechowskim, a Zbigniewem Drzymałą – szefem Dyskobolii Grodzisk Wielkopolski, Polonia przejęła klub z Wielkopolski, wraz z większością zawodników.
Wojciechowski zapowiadał, że będzie pierwszym prezesem polskiego klubu, który wprowadzi w XXI wieku zespół do fazy grupowej Ligi Mistrzów. Mimo ściągania wielkich nazwisk (m.in. Adrian Mierzejewski, Artur Sobiech) i trenerów (za jego czasów zespół prowadziło 17 szkoleniowców – m.in. José María Bakero, Bogusław Kaczmarek i Paweł Janas). Przygoda ekscentrycznego mimo wielkich nadziei zakończyła się totalną zawieruchą. Na mocy umowy Wojciechowskiego z Ireneuszem Królem Polonia miała zostać przeniesiona do Katowic. Suma sumarum na szczęście zespół pozostał w Warszawie, ale znów „Czarne Koszule” czekały chude lata…
W 1977 roku nasi juniorzy zdobyli mistrzostwo Polski. Ten sukces bliscy byli w 2005 roku powtórzyć juniorzy Michała Libicha, jednak w końcowej rywalizacji wyprzedziła ich drużyna SMS-u Łódź. Następna generacja powtórzyła ten sukces w 2008 roku. Zespół również prowadził Libich. Polonia zawsze prowadziła świetną pracę z młodzieżą. Na Konwiktorskiej właśnie wychował się (a później zakończył tu karierę) jeden z wybitniejszych piłkarzy polskich Dariusz Dziekanowski, grający podczas mundialu 1986 w Meksyku; Marcin i Michał Żewłakowowie, którzy zagrali w 2002 roku w Korei i Japonii. Do słynnych wychowanków należy zaliczyć także Marcina Kusia, Antoniego Łukasiewicza i Cezarego Wilka. Wielkim objawieniem roku 2001 był także wspomniany „nigeryjski Polak” Olisadebe, który w znacznym stopniu przyczynił się do zdobycia przez Polonię mistrzostwa w 2000 roku i awansu reprezentacji Polski na Mundial 2002.